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だが、翌１２日ごろからネット上の掲示板を中心に「マジコンを使うとクリア寸前でデータが消える」との情報が飛び交いはじめた。これら掲示板上の情報をまとめると、物語終盤、突然画面が切り替わり、作者である堀井雄二さんのイラストとともに「まじこんをつかうなんてとんでもない！」とのメッセージが表示され、ゲームデータである「冒険の書」が消えるようだ（写真）。また、中にはニンテンドーＤＳ本体が動かなくなったとの報告もあった。これらの動作不良は、対策プロテクトを外したマジコンで起こっており、プロテクト外しが新たな対策プログラムを起動させるという二重のトラップ構造であったようだ。
このようなメーカー側の対策に対し、ネット上では「最後の最後でデータを消すなんて、企業としての良心を疑う」「ユーザーをバカにしている」「費やした６０時間を返せ」「残りの髪の毛むしりとってやる」など怒りの書き込みが殺到しており、腹を立てた一部のマジコンユーザーがネット小売大手「アマゾン・ドットコム」の「ドラクエ９」評価欄に最低点数をつけて「炎上」させるなど、抗議行動を起こしているようだ。
なおメーカーに尋ねたところ、パッケージには「任天堂の許諾がない装置を使用した場合、このゲームはプレイできない可能性があります」と表示してあり、何ら問題はないとの返答だった。
